《湘妃怨》这首琴歌出自1590年明代的《琴书大全》，吴宗汉传谱，乐曲描写的是上古时期的故事。相传尧帝（部落酋长伊祁放勋）有两个女儿，一名女英，一名娥皇，她们同时嫁给了虞舜（姚重华）。当舜的父母和弟弟屡次要加害舜的时候，娥皇和女英都会帮助舜脱险，舜在帝位三十九年，有一次南巡，在途中逝去，《史记》中写“崩于苍梧之野，葬于江南九疑。”姐妹俩千里寻夫，知舜已死，抱竹痛哭，泪尽而死，因死于湘，人称湘夫人。
战国时期的诗人屈原在《楚辞·九歌》中对她们的描写是：“帝子降兮北渚，目眇眇兮愁予；袅袅兮秋风，洞庭波兮木叶下。”
晋朝张华《博物志·史补》记：“尧之二女，舜之二妃，曰湘夫人，帝崩，二妃啼，以泪挥竹，竹尽斑。”
在第九集中甄嬛想着皇上在齐妃那里，心里不是个滋味，便弹起了湘妃怨，在一旁的浣碧劝甄嬛不要弹了，说这曲子不吉利。
这个时候皇上正在回养心殿的路上，苏培盛听到甄嬛弹的曲子，便停下来问皇上接下来是去养心殿，还是翊坤宫，坐在轿子上的皇上并没有回话，苏培盛便明白了皇上的意思，直接带着皇上去了碎玉轩。
皇上来到碎玉轩的门口，听出了甄嬛弹奏的这曲子，也看出了甄嬛的心思，略带点伤感忧愁。
《甄嬛传》第九集中，甄嬛弹奏《湘妃怨》表达对皇帝思念，浣碧认为小主弹奏此曲不吉利。可惜的是甄嬛弹奏的指法完全不对，并不是古琴指法。